El tratamiento quirúrgico de la endometriosis previo a FIV/ICSI debe ser individualizado caso a caso. La extirpación quirúrgica de un endometrioma, quiste ovario producido por tejido endometrial, provoca una disminución de la respuesta del ovario operado. Esto se traduce en la obtención de un menor número de ovocitos y de embriones, muchas veces con la necesidad de mayor dosis de hormonas gonadotrofinas y mayor duración de la estimulación.
Por ello, las recomendaciones de la European Society of Human Reproduction and Embryology (ESHRE) y del Royal College of Obstetricians and Gynaecologist (RCOG) son que la cirugía debe considerarse si se verifica presencia de endometriomas de más de 4 cm, en endometriomas que dificulten la punción ovárica, cuando exista riesgo de ruptura durante la punción ovárica, o riesgo de recurrencia de absceso ovárico, complicación grave de una infección.