¿Qué desventajas tiene el DGP?

Aquellos pacientes que deciden analizar genéticamente sus embriones corren el riesgo de tener que cancelar el ciclo porque ninguno de sus embriones estén sanos. Además, el DGP requiere la manipulación del embrión y algunos de ellos no lo soportan.

Otro de los inconvenientes del DGP es que solo se analiza una célula del embrión. Sin embargo, los embriones mosaicos contienen tanto células sanas como alteradas. Por ello, es posible que se transfiera un embrión sano mosaico no viable o al revés.