Pese a que el uso de medicamentos durante el embarazo debe estar limitado, si la mujer padece alguna enfermedad crónica, tal vez no pueda abandonar su tratamiento. En estos casos, el especialista deberá valorar si el tratamiento farmacológico es compatible con el embarazo o si es necesario realizar alguna modificación.
En el caso de que la mujer padezca diabetes, podrá continuar con la administración de insulina durante el embarazo puesto que este fármaco es bastante seguro. Si lo que padece es hipertensión arterial, entonces se aconseja evitar los inhibidores de la enzima de conversión de la angiotensina (IECA) ni antagonistas de los receptores de la angiotensina II (ARA-II), especialmente a partir del segundo trimestre de embarazo.
Por último, aquellas embarazadas que sufran de epilepsia, lo más seguro es no utilizar el ácido valproico y la carbamazepina debido a que tienen un riesgo elevado de causar defectos en el tubo neural.