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Debido a su contenido hormonal el ciclo menstrual puede verse afectado, haciendo que se manifiesten algunos cambios. Los retrasos o adelantos de la regla dependerán del momento del ciclo en el que se tomó la píldora.El momento del ciclo menstrual en el que se ingiere la píldora del día después determinará si nuestra menstruación viene en la fecha esperada, se adelanta o atrasa. Los estudios comprobaron que aquellas mujeres que tomaron la píldora uno o dos días antes de su ovulación tuvieron su regla en el momento que tocaba y con una duración similar a lo habitual, sin notar efectos secundarios evidentes en su ciclo.

Se realizó un estudio donde aquellas mujeres que tomaron la pastilla más de dos días después de la fecha de ovulación presentaron retrasos en la regla, sin embargo estos retrasos suelen ser de unos pocos días. Cuando la regla se atrasa por 7 días o más, puede indicar que la píldora de emergencia no funcionó y que existe la posibilidad de embarazo.

Muchas mujeres tienen flujo marrón antes de su menstruación, cuando su flujo es muy ligero y no contiene mucha sangre. Es especialmente común tener flujo marrón aproximadamente 2 días antes de la menstruación.
Las mujeres que toman anticonceptivos pueden tener un flujo marrón en lugar de una menstruación. Los anticonceptivos hormonales hacen que el revestimiento de tu útero se haga más fino, lo que puede, eventualmente, provocar un flujo marrón sin menstruación.

Si tomas anticonceptivos, también puedes tener sangrado intermenstrual, que causa un flujo de color marrón ligero o manchado. Puedes tener flujo marrón entre tus menstruaciones porque las hormonas hacen que el revestimiento de tu útero sea menos estable. Si has tomado tus anticonceptivos de manera correcta y careces de otros síntomas, no debería haber motivo de preocupación.