Esta anomalía puede provocar una disminución de la fertilidad o la pérdida total si es criptorquidia bilateral. Al no descender los testículos y permanecer en la cavidad abdominal o el canal inguinal, la temperatura donde se alojan es mayor a la necesaria para que tenga lugar el correcto desarrollo de la espermatogénesis, la producción de los espermatozoides. Esto puede causar la muerte de las células germinales y, por consiguiente, un eyaculado sin espermatozoides o con la concentración de éstos alterada.
Generalmente, la cirugía realizada a una temprana edad solucionaría el problema de la fertilidad, ya que una vez los testículos se alojen en el escroto y permanezcan a la temperatura adecuada, retomarán su función. También se sabe que la cirugía precoz puede disminuir el riesgo de tumores testiculares, sobre todo para aquellas criptorquidias en las que la localización de los testículos es intraabdominal.
