Las placas de tejido endometrial, así como los endometriomas o quistes endometriósicos, suelen aparecer con frecuencia en los órganos de la pelvis pertenecientes al aparato genital femenino, como son los ovarios y las trompas de Falopio.
También puede originarse en otros lugares como la vejiga, el intestino, el peritoneo, el saco de Douglas o el septo rectovaginal.
Incluso existen otras localizaciones más raras donde se puede localizar la endometriosis como, por ejemplo, los pulmones, el ombligo o el cerebro.