Una de las principales indicaciones para realizar una ICSI es la mala calidad del semen, ya sea por baja concentración de espermatozoides, mala movilidad y/o morfología anómala.

Las muestras de semen infecciosas por VIH o hepatitis, por ejemplo, necesitan ser tratadas con mucho cuidado para eliminar la carga viral. Después de esto, la técnica más efectiva para fecundar los óvulos de la pareja es la ICSI.

Por último, las muestras seminales valiosas de pacientes que se han quedado estériles por un tratamiento de quimioterapia o que han sido vasectomizados, también se tratan con mucho cuidado y se utilizan para fecundar con ICSI, ya que la tasa de éxito es mucho mayor que con la FIV convencional.

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