El proceso para el PISCI es similar al que se se lleva a cabo para la ICSI, con la diferencia del método de selección espermática.
Una vez que el hombre ha obtenido la muestra por masturbación y con un periodo de abstinencia de 3-5 días, es necesario que sea capacitada en el laboratorio. De esta forma se permite separar los espermatozoides vivos del resto de componentes del semen, es decir, del plasma seminal y de los espermatozoides muertos.
Cuando la muestra seminal está capacitada, se procede a la selección de los espermatozoides. Para ello, se utiliza una placa especial en la que hay unas gotas de una sustancia similar al ácido hialurónico (HA). Los espermatozoides maduros y, por tanto, con mayor capacidad para fecundar al óvulo, se quedarán pegados a las gotas de HA y serán fácil identificados por el personal del laboratorio.
Por último, se aspirarán estos espermatozoides y se microninyectarán de forma habitual en el óvulo.